Nostradamus ili punim imenom Michel de Nostredame preminuo je 2. srpnja 1566.
Uoči smrti izradio je oporuku kojom je svojoj supruzi i djeci ostavio nemalu imovinu (koja bi danas vrijedila više stotina tisuća eura). Navodno je Nostradamus uvečer svom tajniku Jeanu de Chavignyju rekao da ga ne će pronaći živog kad sljedeći put izađe sunce. I doista, Nostradamus je preminuo. Ujutro sljedećeg dana pronašli su ga mrtvog na podu pokraj kreveta. Uzrok smrti mogla je biti komplikacija gihta, koja je izgleda dovela do teškog edema. Nostradamus je pokopan u Salon-de-Provenceu, a njegovi posmrtni ostatci još se i danas ondje nalaze.
Kao i kod ostalih Nostradamusovih proročanstava, glavni je problem dokazivanja istinitosti postojanje golemog broja izdanja i prijevoda njegovih djela, mnoga od kojih su izrađena još za njegova života. Zahvaljujući tadašnjoj primitivnoj tehnologiji kopiranja tekstova, u tekstove su se potkrale mnoge pogreške i tipfeleri. Mnoga proročanstva pripisana su Nostradamusu nakon njegove smrti. Presage (generalizirano proročanstvo) br. 141, koje sadrži navodno proročanstvo o autorovoj smrti, tiskano je tek 1568., dakle dvije godine nakon njegove smrti. Postoji sumnja da je de Chavigny namjerno izmijenio prorečenu godinu smrti kako bi se poklapala, navodno jer je Nostradamus promašio za oko godinu dana.