Uz Pukanića ubijen je i Niko Franjić kao kolateralna žrtva.
U atentatu u središtu Zagreba 23. listopada 2008. godine ubijeni su glavni urednik tjednika Nacional Ivo Pukanić i direktora marketinga Niko Franjić.
Ubijeni su auto-bombom u ulici Stara Vlaška u dvorištu ispred sjedišta Nacionala u 18.22 sata. Kako je pokazala kasnija rekonstrukcija Pukanić i Franjć, svaki sa svoje strane, prilazili su njegovom Lexusu, a trenutak prije nego su ušli u automobil odjeknula je snažna eksplozija koja je obojicu ubila na mjestu.
Čim se pojavila na mjestu zločina, policija je blokirala promet oko Stare Vlaške i obližnjeg Langovog trga s namjerom sprječavanja ubojičinog bijega, ali bez uspjeha.
Mogući sumnjivac je bio uočen netom nakon eksplozije. Policija je izvijestila da je bio u ranim tridesetim godinama, nosio šiltericu i da je bježao ne obazirući se na promet. Kasnije je utvrđeno da se radi o Željku Milovanoviću. Odmah je bilo jasno da je napad organiziran i izveden profesionalno. Eksploziv je aktiviran na daljinski upravljač.
Policija je u suradnji s Uskokom odmah pokrenula veliku akciju otkrivanja počinitelja atentata koji je uskoro okarakteriziran kao teroristički čin. Tih dana Zagreb je živio u strahu jer su počele kolati priče da je grad preuzima mafija, a ubojstvom je bila šokirana Hrvatska i cijela regija. Iako je uz Pukanića ubijen i Franjić otpočetka je bilo jasno da je on kolateralna žrtva. Još u travnju iste godine Pukanić je policiji prijavio da je na njega nedaleko od stana u središtu Zagreba izvršen atentat. Prema njegovim izjavama napadač mu je prišao vrlo blizu, ali mu je pištolj zatajio, pa ga je Pukanić uspio svladati. Iako je policija prijavu shvatila ozbiljno, te je Pukanić neko vrijeme imao pratnju, javnost je sve dočekala s skepsom pa se tvrdilo da je to samo njegova nova samopromocija. Nažalost Pukanićeve riječi da mu je život u opasnosti pokazale su se točnim šest mjeseci kasnije.
Zbog sudjelovanja u atentatu uskoro su uhićeni Željko Milovanović, Robert Matanić, Bojan Gudurić, Luka Matanić, Amir Mafalani te Slobodan Đurović i to u rekordnom roku od samo sedam dana. Njihovo uhićenje je rezultat prve opipljive međuregionalne policijske suradnje u akciji kodnog imena Balkan exspress. Sva šestorica na suđenju su proglašena krivima dobivši zatvorske kazne u rasponu od 15 do maksimalnih 40 godina, koju je dobio Milovanović. Za njega je utvrđeno da aktivirao paklenu napravu na motoru, a osuđen je u odsutnosti jer mu se zbog Pukanićevog ubojstva sudilo i u Beogradu. Vrhovni sud svima je povisio kazne.
Ipak glavno pitanje, tko je bio naručitelj ubojstva do danas nije riješeno.